変更するなら

その１
セ・パ両リーグ共に、前半７２試合の勝率１位と、後半７１試合の勝率１位で対戦して、勝者が日本シリーズ出場。

その２
セ・パ両リーグを３チームずつに分ける。
東西地区制にして、両地区優勝チームが対戦して、勝者が日本シリーズに出場する。

この案の方が、まだスッキリするのではないかと、思います。